Fasicule Rasmol TP d’introduction à la structure 3D des molécules avec l’outil RasMol Objectif général du TP. Familiariser l’étudiant de licence de biochimie à la visualisation 3D des molécules et lui fournir des outils « clefs en main » pour abor manière autonome le logiciel RasMol. RasMol est un visualisateur 3D de molécules ass plates-formes et qui tion 3D des molécule biochimiste/biologist RasMol Copyright (C) PACE 1 or 4 Sni* to vieu i fonctionne sur to on rapide la visualisa Ispensable à tout version 2. x1 VIOdS copyright (C) Arne Mueller 1998 Version 2. . 0, 2. 7. 1 Mods Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998- 1999 rasmol@bernstein-plus-sons. com Matériel Le TP aura lieu sur des machines de type PC (sous windows ou so us Linux). Molécules disponibles Les structures 3D des macromolécules biologiques sont déposées dans une archive mondiale appelée la PDB. Dans le cadre du T quelques molécules ont été extraites de cette arch ive située à l’URL suivante: http://www. rcsb. rg/ Sous windows, l’installation de Rasmol ne nécessite pas d’être ad ministrateur et l’archive se présente sous la forme d’un fichier ex ans n’importe quel répertoire. Les archives du loglciel sont situées à l’adresse suivante: http://www. bernstein-plus-sons. com/software/rasmol/ page 1/4 Figure 1 . Archives de RASMOL Pour récuperer l’archive du programme correpondant à la version 2. 7. 3 sous Windows, il suffit de cliquer avec le bouton droit de la sur le lien encadré de la figure 1 (page d’accueil de RasMol) puis s auver le fichier raswin. xe sur le disque dur. Exécuter le progra Raswin. exe, vous devez observer une fenêtre graphique de manip ulation et une fenêtre de commande en mode texte. Cette fenêt pilotage en ligne du logiciel (sans les menus) ainsi qu’à l’affich age d’information par le logiciel (Résidus, distances, atomes, Prinicpaux mouvements de la molécule: Bouton gauche : Rotation en XY Bouton gauche + Shift: Zoom (avant et arrière) Bouton doit : Translation Bouton doit + Shift: Rotation Z 1 .
Chargement d’une structure 3D Menu Open… Choisir le fichier Icrn. pdb placé dans le répertoire contenant les (indiqué par l’enseignant). Indiquer le nombre de résldus de la protéine (Menu ormation… ). Manipuler la structure à l’aide des différents boutons de souris a sans combinaison de PAG » OF d sans combinaison de touches. Cliquer sur sur l’oxygène (atome le plus a gauche sur la figure 1 et observer l’information dans la texte.
Manipuler et cliquer sur d’autres atomes. 2. Visualisation des ponts disulfures de la protéine Page 2/4 des atomes des Cystéines) COLOR GREEN Observer la fenêtre graphique. WIREFRAME 75 RESTRICT cys Comparer par rapport à l’instruction select SSBONDS COLOR SSBONDS YELLOW SSBONDS 75 COLOR CPK pour connaitre les CYS en ponts disulfures menu sous enu Label (une autre solution consiste à cliquer sur les différen 3.
Visualiser en couleur les éléments de structures secondaires SSBONDS OFF (enlève les ponts SS) SELECT ALL CARTOONS COLOR STRUCTURE (figure ci-contre) Explorer les différents modes de représentations (Menu disp ay, menu Colour) Donner les limites des hélices et des brins béta en utilisant les o utilisés ci-dessus. eptidique (Angle dièdre w). Commenter sa valeur. 5. Essayer les autres commandes suivantes et commenter leur effet SHOW SEQUENCE HBONDS CPK ON page 3/4 CPK OFF SELECT CYCLIC AND NOT PRO STEREO ON 6.
Stocker un scénario et le recharger Refaire les actions décrites au paragraphe 2 WRITE SCRIPT TOTO. SC Quitter le logiciel (Menu File Quit) Relancer le logiciel SOURCE TOTO. SC 7. Sélectionner les atomes dans une sphère (notion de site) Menu File puis Close Charger le fichier ILDM Découvrir et analyser la molécule (nombre de chaines, ligands,etc. Pour sélectionner tous les atomes dans une sphère de rayon 3 A de tous les atomes d’un ligand (ex: NAD) COLOR CHAIN SELECT WITHIN (3. 0, NAO) CPR Menu Slab Mode
